O Όμιλος ΟΣΕ Α.Ε., αποτελείται:
1.    Από την Μητρική Εταιρεία (Ο.Σ.Ε. Α.Ε.), στην οποία ενσωματώθηκε στα τέλη του 2010, σύμφωνα με το νέο νομικό πλαίσιο, η πρώην θυγατρική Ε.ΔΙ.Σ.Υ. Α.Ε. (πρώην Διαχειριστής της Υποδομής). Η μητρική εταιρεία καθορίζει τη συνολική στρατηγική και διαχειρίζεται την εθνική σιδηροδρομική υποδομή.
2.    Την ΕΡΓΟΣΕ Α.Ε., που διαχειρίζεται το μεγαλύτερο μέρος των σε εξέλιξη ή προς ανάθεση έργων εκσυγχρονισμού της σιδηροδρομικής υποδομής που συγχρηματοδοτούνται από πόρους της Ευρωπαϊκής Ένωσης ή αμιγώς από εθνικούς πόρους.